Windows poseduje specijalni režim rada koji se može pokrenuti pre nego što se standardni operativni sistem pokrene. Ovaj režim se zove Safe Mode i on omogućava pokretanje operativnog sistema sa samo najosnovnijim funkcijama. Ovaj režim može da bude koristan u dijagnosticiranju sistemskih problema a takođe i pri otklanjanju malware-a jer se logično sa manjim brojem funkcija koje se pokreću ne pokreće ni malware. Ipak, ni ovde nije sve tako sjajno, obzirom da McAfee otkriva da je moguće da se malware pokrene i u Safe Mode-u. Ova kompanija nije navela koji je to specifični malware koji se može pokrenuti ali navodi da je to ipak moguće.
Softver i usluge određen za pokretanje u sigurnom načinu rada su navedeni u ovim ključevima registra:
HKEY_LOCAL_MACHINE \ SYSTEM \ CurrentControlSet \ Control \ SafeBoot \ Minimal
HKEY_LOCAL_MACHINE \ SYSTEM \ CurrentControlSet \ Control \ SafeBoot \ Network
